En San Miguel de Salinas, de los primeros pueblos de los que tenemos vestigios, es el íbero, de los cuales tenemos restos cerámicos en abundancia en los alrededores del municipio.
El encontrarse en medio de dos cursos de agua, pequeños, es cierto, pero esenciales dada su escasez en un radio de bastantes kilómetros a la redonda, posibilitó el encuentro de diversas culturas, algo que potenció su situación estratégica divisando la costa.
Después de los íberos, tenemos a los cartagineses y romanos, siendo para estos últimos tan sólo un lugar de paso. La cercanía de una de las vías romanas, auténtica red viaria para comunicar la totalidad del imperio, ha dejado algunos posibles restos, como los hitos encontrados en algún paraje, junto con monedas fenicias y romanas que denotaban no un asentamiento estable, pero sí el paso de las diferentes culturas Tras los romanos, nos encontramos a los árabes, de los cuales quedan bastantes muestras, como el horno para cocer cerámica de la finca “Las Zahurdas” y algunas monedas.
Hacia el año 800, encontramos referencias a una ermita situada en el actual Matamoros, al lado del Río Nacimiento, con monjes de San Agustín. En ella pernoctó San Ginés cuando desembarcó en Cabo de Palos, razón por la que desde ese momento se le conoció como San Ginés de la Jara, siendo primero torre, ermita y luego convento según autores como Gisbert, autor de una Historia de Orihuela. Esta ermita desapareció en 1639, no se sabe si por una epidemia de peste o porque deja de tener utilidad como puesto defensivo.
A partir del S. XV, ya nos encontramos a tenor de los diversos restos de enterramiento encontrados, con que el pueblo ya está habitado en su enclave actual. Las primeras viviendas, constituyen lo que actualmente es el casco urbano de San Miguel, siendo el primer edificio religioso construido en 1600 una ermita, que fue demolida en 1689, seguramente por su mal estado. El nuevo templo, el actual, se construye en 1719, declarándose en 1723 parroquia independiente con cura propio tras pedirlo al Cabildo de la Catedral de Orihuela.
Hasta que llega la Constitución de 1812 no hay nada digno de mención. Apoyándose en este documento, los vecinos solicitaron y obtuvieron en 1813 la primera segregación de Orihuela y la constitución de ayuntamiento independiente. La Diputación de Murcia, a cuya jurisdicción pertenecían, concedió y reconoció un término municipal al ayuntamiento de San Miguel. En 1815, con la vuelta al Antiguo Régimen, desapareció el Ayuntamiento y volvió a depender de Orihuela hasta la llegada del trienio liberal. En 1820, se concedió la segregación, pero sin término municipal. En 1822, consiguió un término municipal, sin embargo, con la vuelta de Fernando VII al poder, se abolieron otra vez los Ayuntamientos Constitucionales, perdiendo otra vez San Miguel esta categoría.
En estos momentos, San Miguel tuvo el mayor nivel de población, cercana a los 2000 habitantes, descendiendo a partir de ahí sin recuperarse hasta los primeros años del siglo XX.
En el año 1829, la desgracia llegó al municipio, con un gran terremoto que lo asoló. La reconstrucción, lenta y laboriosa, fue posible por la colaboración del obispo de Orihuela, Félix Herrero Valverde.
El año 1836, la Vega Baja pasa a depender de la Diputación de Alicante, tras la división de Javier de Burgos, creándose en ese momento el nuevo y ya definitivo Ayuntamiento de San Miguel de Salinas. Fue en ese momento cuando comenzaron los problemas, al producirse enfrentamientos con las localidades vecinas de Orihuela, Almoradí y Torrevieja por los lindes del término municipal. Esas disputas, durarían más de 100 años y no se cerrarían hasta 1955, año en el que se le concede el actual término municipal el día 4 de marzo. Este término es 121 veces mayor que el que tenía hasta ese momento, llegando a las 5000 has.
En su momento, la riqueza del municipio, aparte de la agricultura, eran los telares de lino y cáñamo y los cuatro molinos harineros de viento. Tras años de emigración y estancamiento, hacia 1980 se produce el crecimiento del casco urbano de la mano del boom turístico, que hace crecer la población, generalmente jubilados comunitarios que acuden atraídos por lo benigno del clima y la tranquilidad del municipio, alejado convenientemente del bullicio de la costa aunque a una distancia cómoda del mismo. Además, se verifica un cambio en los usos laborales, que han tendido hacia los servicios y todo lo relacionado con la construcción, sobre todo por la cercanía a la costa y su urbanismo galopante.